幼い頃、夏日（なつひ）の目の前で双子の妹・青葉（あおば）は「消失した」。両親を含めた誰もが青葉のことを忘れてしまい、彼女を覚えているのは、夏日と、消失の瞬間を一緒に目撃した幼馴染の明人（あきと）だけだった。青葉の消失が忘れられないまま大学生となった夏日は、所属する国文学研究室の教授が失踪したという報せを受ける。それには「あさとほ」という、平安時代に書かれた物語が関わっているらしい。教授の行方と未詳の物語「あさとほ」を追う夏日は、十数年ぶりに明人と再会し、共に調査をすることになる。二人が「行方不明の物語」の正体に辿り着くとき、物語は大きくその姿を変える。
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