１０月１８日。ロシアより、第三次世界大戦の宣戦が布告された。学園都市とロシアの激突は全世界を巻き込む大規模なものとなる。この背景には『神の右席』最後の一人、フィアンマの政治的暗躍があった。そんな世界大戦戦火の渦中で、奔走する者達がいた。学園都市の高校生・上条当麻は、フィアンマによる霊装奪取の影響で昏睡状態になったインデックスを解き放つため。最強の超能力者・一方通行は、謎の存在『エイワス』出現による高負荷が掛かった打ち止めを救うため。元・暗部組織『アイテム』小間使い・浜面仕上は、能力促進剤『体晶』の乱用によってす衰弱した滝壺理后を治療するため。彼らは三者三様の想いを抱き、緊迫のロシアへと向かう！ そこで待ち受けていたものとは……。科学と魔術が交差するとき、物語は始まる――！
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