インデックスが所属する『イギリス清教』の総本山・ロンドン。その魔術の都が、騎士団長を頭首とする『騎士派』のクーデターにより堕ちた。その影響はイギリス国内全土に及び、市街では一般市民が軍に拘束されるという異常事態に陥る。『騎士派』の”変革”が進行する渦中、魔術師擁する『清教徒』は各所で抵抗戦をつづけるのだった。インデックスを救うためフォークストーンに向かった上条当麻は、ついにクーデターの主謀者の元にたどり着く。そこにいたのは、『神の右席』後方のアックアだった。そして、彼が刃を向けている先には、英国王室第二王女・キャーリサの姿が……！ 科学と魔術が交差するとき、物語は始まる……！
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