地球連邦政府に反旗を翻したザンスカール帝国軍（ベスパ）の侵攻により、故郷ポイント・カサレリアを追われてしまったウッソとシャクティ。混乱の中で、二人は市民抵抗組織“リガ・ミリティア”のニュング部隊と出会い、行動をともにすることになる。ウッソに戦ってほしくない、というシャクティの願いもむなしく、ニュング部隊はウッソのニュータイプ的閃きに注目し、Ｖガンダムのパイロット候補にしてしまうのだった。シャクティのために故郷へ帰るか、戦士としてベスパと戦うか、葛藤するウッソ。そしてベスパによるモビルスーツ群の攻撃が始まり、ウッソはＶガンダムで出撃した──！
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