2004年、米艦隊が駐留する南太平洋イースター島の沖合いに、突如謎の戦闘艦が現れた。だが、米軍の迎撃の前に艦は忽然と消失。捉えられた映像から、怪艦が旧ドイツの『テルピッツ』であることを知った米国防省は、第二次大戦時のナチスがタイムマシンを開発したことを確信し、日本へ事態解決を要請してきた。イージス艦『やまと』の出動に難色を示す自衛隊。だが、その矢先『テルピッツ』は日本近海に出現、ヨットで航行中だった極東映画会長・大森玄人の姪を拉致して消えてしまった。イージス艦を過去へ送り出すタイムマシン『ファンタム』を所有する大森は、姪の救出のためマシンの使用を決意する。『やまと』がタイムスリップした1945年は、北米を占領したドイツと大日本帝国が太平洋を挟んで対峙し、豪州に脱出した米英艦隊が設立した自由世界軍が巻き返しを画策している世界だった。真珠湾に結集する独太平洋艦隊を叩いた『やまと』は、ヒトラーの野望を砕くべく、自由世界軍とともに北米西海岸への上陸作戦を敢行。だがドイツ軍の起死回生の反撃を受けた『やまと』は…。
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