葬花少女（グリムリーパー）。それは謎の生命体レギオンから世界を守る最終兵器。レギオンに大敗した人類は、クリサリスと呼ばれるドームで葬花少女達に守られ暮らしていた。 高校生葛見は、事故車を救助中、ドームに侵入したレギオンに襲われる。彼を助けたのは、葬花少女隊（グリムリーパーズ）リーダー・アイリス。 葛見の正義感を認めたアイリスは、彼に協力を要請する。葛見は戸惑いながらも、幼馴染みの少女・春野を守るため戦いに身を投じることを決めるが――？ これは少年と兵器の少女によって花開く、セカイで最後の恋物語。
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