人類はキノコに支配されていた。脳に寄生することで自由を奪い、思考を奪い、菌類は徹底した管理社会を築き上げた。しかし、ここにイレギュラーが存在する。最強の兵士・ダンテは、ひとりの少女との出会いをきっかけに、この世界の理を覆す決意をした。『進撃の巨人』諫山創が惚れ込んだ、新たなる”絶望”と”抵抗”の物語。
正しさがもしあるならば問い続けた先にあるだろう。旧人類との出会いが、エーテルに希望の光を照らした。再び、アミガサへの反撃計画が動き出す。優秀な力を持つ「アザ持ち」を仲間にするため、アミガサ研究所への潜入に成功したダンテ。そこで待ち受けていたのは、『創まりの５人』に迫る者同士の命をかけた生存競争だった。度重なる凄惨な経験が、ダンテに変化を与えていく。ここから…真の逆襲が始まる！ 緊迫のアミガサ研究所編、突入！！
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