快活なスポーツ少年の甲児は、幼なじみのさやかの頼みで、古代史研究会の旅行に参加することになった。今日本で話題となっている背臼山遺跡…日本で初めて古代ギリシャ風の柱や階段が発掘されたというのだ。研究会は女子ばかりなので、ボディーガードとして、というわけだ。遺跡に着くと、さやかの父の友人・抜田先生が出迎えてくれ、遺跡を案内してくれることに。そこに突然の地震が！ 遺跡の天井が少し崩れるほどの地震だったが皆は無事…いや、甲児の姿が見えない?! 甲児はひとり、遺跡の地下に滑り落ちてしまっていたのだ。彼はそこで信じられない出会いをすることに…!! 永井豪の描く巨神伝説、新たなる幕開け！
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